故事发生于九十年代，拖拉J工人铁头（成龙饰）冒着生命危险偷渡前往ㄖ本，决定找他那位到了ㄖ本留学的女朋友秀秀（徐静蕾饰）。他在ㄖ本投靠同村好友阿杰（吴彦祖饰），与其余偷渡客共住在同一个屋檐下，过着发达社会的下流生活、干着粗活，但生活所迫人令他们的挖泥工作难以赶上物价急速通胀的生活。
正当铁头放弃找寻秀秀之际，赫然发现她已改名为结子，成为ㄖ本黑帮“三合会”副会长江口利成（加藤雅也饰）的Q子。铁头遂决定在ㄖ本落地生根并改善生活，往后更于夜店相识了从事MM桑的丽丽（范冰冰饰）。
他们于当地无法从事正当职业，铁头说服阿杰一同开始违法勾当，令生活素质得以改善，并学习ㄖ语为求融入社会，让自己成为有文化的人。他们的一群人势力越来越强，生活渐见起色，所有兄弟也视铁头为他们的领袖。
可惜一天胆小的阿杰在盗取售卖J里的钱时显得慌张，被一向受江口保护的外来黑帮老大高捷（高捷饰）识破，并把他打至残废，自此阿杰亦X情大变。铁头决定替阿杰报仇，恰巧发现高捷想取江口X命，遂把江口救出。江口纵然知道铁头与结子是旧情人，但仍与铁头惺惺相惜，并让铁头替他教训高捷并把他赶走，完事后江口便替他弄一张ㄖ本身份证作回报，铁头遂把高捷打至残废。
铁头取得身份证后便打算离开众人并于其它地区开小店做生意，让阿杰及其余人继续他之前的业务。但他的宁静生活却被他曾救其一命的JX北野（竹中直人饰）打破，北野警告铁头他的同乡已触犯不少严重罪案，阿杰残废后变得大胆凶狠，警方已成立档案“新宿事件”来调查华人犯罪纪录，并把从前与铁头为伍的一帮人视为ㄖ本最大的华人犯罪组织。
铁头查明真相后决定与北野合作，他希望所有的兄弟回头是岸，但众人见铁头带了北野前来，误认为他要出卖一众兄弟。而江口此时只一心成为ㄖ本帮会的领袖，欲把掌握了他罪证的北野及铁头杀死。另一面，江口的敌人挟持了结子，她X命危在旦夕……
江口、阿杰、铁头、北野四人再次碰面。另外，高捷亦带来一批杀手打算干掉江口，五路人马聚首要把旧账一次算清，一场腥风血雨的厮杀局面一触即发……
电影花絮：《新宿事件》是尔冬升用十年时间搜集资料筹备的电影，描写了华人在东京的一段曲折惊险经历。
根据片方在戛纳所述，成龙在片中角色上遭遇很大挑战，其中的一个看点是：成龙将会在影片最后“死去”，为整部影片画上悲惨句号。
而作为影片配角、被成龙带入行的吴彦祖从ㄖ本拍完该片回来时透露，一直赶拍新片《新宿事件》很累，为这部戏瘦了5公斤，“我比以前瘦了很多”。在场的人描述，“从吴彦祖眼中清晰的血丝可以看出来，这部戏让他没少受罪”。而范冰冰、徐静蕾两位女演员，则出演了她们职业生涯中少有的负面角色，其中以在片中饰演“MM桑”角色的范冰冰为甚。
